Tập tin định dạng này được sử dụng trong nhiều chương trình hóa học, như TINKER và UniChem; chứa mô tả cơ bản của phân tử, cũng như số nguyên tử, ký hiệu nguyên tố.
Đôi khi phần mở rộng tập tin .xyz cũng đại diện cho các phần mở rộng tập tin chung chung.