Với lời đe dọa đánh bom cả thành phố Gotham, Scarecrow đã biến Gotham thành một thành phố ma khi người dân buộc phải di tản. Kết quả, trong thành phố lúc này gần như chỉ còn bóng dáng của nhưng tên lưu manh và tội phạm. Đây chính là lúc Batman phải ra tay và đưa Scarecrow cùng đồng bọn của hắn ra ánh sáng.
Tuy vậy, mọi việc lại không đơn giản như vậy khi một đối thủ mới của Người Dơi là Arkham Knight xuất hiện với mục đích tiêu diệt hiệp sĩ Bóng đêm một lần và mãi mãi. Điều này hoàn toàn có thể khi Arkham Knight còn sở hữu một đội quân riêng trung thành với mình….Nhà phát triển Rocksteady vẫn lưu lại các đặc tính giúp Người dơi giữ được sự bí hiểm nhưng đồng thời vẫn lộ các yếu điểm của nhân vật. Là người chơi, bạn còn phải dùng tới sự khôn ngoan ngoài các vũ khí hỗ trợ để giành lại công lý.
Cốt truyện có thể chia thành 3 phần liên kết khá chặt chẽ với nhau trong đó đoạn clip mở đầu game cũng đã khơi gợi nhiều điều cho phần kết. Cụ thể, vào đoạn kết còn một điều mà Người Dơi sẽ phải làm là tiêu diệt thế giới ngầm ở Gotham. Đồ họa trong game được đánh giá là xuất sắc với hệ thống nhân vật quen thuộc mà người chơi có thể tìm thấy ở phiên bản truyện tranh.
